يضم التعليم العالي في إستونيا جامعات بحثية ومؤسسات Applied Sciences، وهذا فرق مهم لمن يقارن بين المسار الأكاديمي والتطبيقي. نستخدم هذا التصنيف لفهم نوع المؤسسة، اعتماد البرنامج، لغة التدريس والمدينة، مع إبراز الجامعات التي تقدم خيارات دولية باللغة الإنجليزية.